DAVID如何进行GO/KEGG功能富集分析?
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之前在《一文了解GO/KEGG功能富集分析》里,我们已经聊过 GO 和 KEGG 的核心概念,还给大家推荐了 DAVID 这个实用工具~
今天就带大家一步步解锁 GO/KEGG 功能富集分析的详细操作,跟着步骤走,小白也能快速上手!
   

Step1:进入 DAVID 分析页面

  1. 打开 DAVID 官网:https://david.ncifcrf.gov/(若网页加载异常,可刷新重试或检查网络)
  2. 点击左侧功能菜单中的「Functional Annotation」

   

进入分析主页面,红框标注区域就是核心操作区啦~

        

Step2:三步完成基因列表提交与分析启动

核心流程:提交基因列表 → 选定基因类型 → 确认并提交具体操作如下:
  1. 在「Enter Gene List」框中上传基因列表,格式要求每行一个基因,且总数量不超过 3000 个;
  2. 点击「Select Identifier」下拉菜单,选择基因类型 —— 咱们上传的是基因名(Gene Symbol),所以找到并勾选「OFFICIAL_GENE_SYMBOL」(菜单较长,耐心找找哦);
  3. 「List Type」选项中,直接选中「Gene List」单选框;
  4. 点击「Submit List」提交即可。
提交后等待几秒,若弹出提示「Please note that multiple species have been detected in your gene list.」,说明基因列表中检测到多个物种 —— 点击「确定」后,在「List」中选中目标物种(此处以「Homo sapiens」为例),再点击下方「Select Species」就能继续啦~
     

Step3:查看核心分析结果

操作完成后,就能看到完整分析结果页啦!红框里的折叠栏,分别对应 GO(包含 BP、CC、MF 三大类 —— 忘了它们的含义?可以回头看看《3 分钟了解 GO/KEGG 功能富集分析》补补课~)和 KEGG 的分析结果,一目了然~
 

Step4:提取关键结果并下载

做完分析,下一步就是提取目标结果、准备可视化啦!具体操作看这里:
  1. 结果页中,「Gene_Ontology (3 selected)」折叠栏下,蓝框标注的「GOTERM_BP_FAT」「GOTERM_CC_FAT」「GOTERM_MF_FAT」,就是我们需要的 GO 功能富集结果;
  2. 「Pathways (3 selected)」折叠栏里,蓝框的「KEGG_PATHWAY」就是 KEGG 的核心结果;
  3. 想查看每个类别(BP/CC/MF/KEGG)的详细数据?点击对应栏目后的「Chart」按钮(绿框所示)就行~

 

点击「Chart」后,会显示包含多列数据的详细结果表,核心关注这几列:
  • 关键列:Term(GO/KEGG 功能术语)、P-Value(统计显著性);
  • 辅助列:Count(富集的基因数量)、%(富集基因占比)。
想下载结果?点击红框中的「Download File」,会弹出一个纯文本格式的结果页(看似杂乱但数据完整),直接下载或导入作图软件,就能进行后续分析啦~
 

Step5:结果导出与可视化

各位科研小伙伴看文献时,肯定见过不少功能富集分析的图吧?柱状图、高级气泡图是不是很常见?还有人在用 Excel、PPT 慢慢作图吗?
下面这种高颜值、高专业度的图,是不是正是你想要的?

 

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