GraphPad Prism作图入门+统计避坑指南
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核心痛点:只会用Excel绘制土气柱状图,统计方法选择混乱(分不清T检验与ANOVA的适用场景),且因未展示原始数据点频繁遭审稿人质疑。
今日目标:吃透统计方法选择逻辑,熟练运用Prism制作一张符合SCI标准、带原始数据点的散点柱状图。

统计方法选对才有效:T-test vs ANOVA

这是科研新手最易踩的逻辑坑 —— 统计方法选错,再小的 P 值也毫无意义。

两组比较:Student's t-test(T 检验)

适用场景:仅 Control 组 vs 处理组两组对比
✅ 非配对 T 检验(Unpaired t-test):最常用,两组样品完全独立(如两笼实验鼠)
✅ 配对 T 检验(Paired t-test):同一组样品处理前后对比(如病人服药前 vs 服药后)

   

三组及以上比较:One-way ANOVA(单因素方差分析)

适用场景:多组对比(如 Control 组 vs 药物低浓度组 vs 药物高浓度组)
❌ 严重误区:多次做 T 检验两两对比(A-B、A-C、B-C),会成倍增加假阳性(Type I Error)概率
✅ 正确做法:直接用 One-way ANOVA,后续两两比较在 Post-hoc test(事后多重比较)中完成,常用 Tukey 或 Bonferroni 法
   

双变量比较:Two-way ANOVA(双因素方差分析)

适用场景:存在两个研究变量(如 “时间:24h/48h”+“药物:Control/Drug”)

研究目的:既验证药物的有效性,也分析药物效果是否随时间产生变化
 

P 值的真相:读懂 “显著性” 到底是什么

在图中标注 P<0.05(*)时,你真的懂它的含义吗?
核心结论:P<0.05 绝不代表 “研究假设 95% 成立”
通俗解读:假设研究对象无实际差异(无效假设 H₀成立,如药物完全无效),仅因随机误差得出当前实验差异数据的概率<5%。

显著性星级判定标准

P>0.05P > 0.05P>0.05 (ns): Not Significant,无差异
P<0.05P < 0.05P<0.05 (*): 差异显著
P<0.01P < 0.01P<0.01 (**): 差异极显著
P<0.001P < 0.001P<0.001 (***): 差异极极显著(审稿人更认可的强显著性)
    

实操教程:用 Prism 绘制 SCI 标准柱状图

顶刊作图新趋势:柱状图 + 原始散点,既展示均值又呈现个体数据分布,纯空心柱状图已不推荐!

Step 1 新建数据表格

打开 Prism,选择Column(列联表)(柱状图专用)
✅ 选择「Enter ... replicate values in side-by-side subcolumns」(输入原始重复数据,保留散点信息)
❌ 避免选「Enter Mean & SD」(仅适用于二次作图,会丢失个体数据)
 

Step 2 录入实验数据

按组别列录入原始数据,例:
  • Group A 列:Control 组原始数值
  • Group B 列:Treatment 组原始数值
 

Step 3 选择 SCI 标准图型

左侧点击Graphs(图形),2 种可选方式(结果一致):
  1. 直接选「Individual values」→「Scatter dot plot with bar」(带柱散点图,推荐)
  2. 选「Column bar graph」,在设置中勾选「Plot individual values」(显示个体数据)
 

Step 4 一键完成统计分析

点击顶部工具栏Analyze,按组别数选择统计方法:
  • 两组比较→选t-test
  • 三组及以上→选One-way ANOVA
    Prism 自动生成统计结果表,查看P value summary行,带星号即表示组间存在统计学差异。

美化技巧:告别 Prism 默认配色,打造 SCI 级图表质感

Prism 默认出图易显粗糙(黑框、字体杂乱),简单手动微调,就能大幅提升图表颜值,适配期刊要求!
 

字体统一:选对字体 + 规范字号

✅ 全选文字统一改为Arial/Helvetica(国际期刊通用无衬线字体,显示清晰)
❌ 避免 Times New Roman(衬线体,小字号易模糊)
✅ 字号标准:坐标轴标题12-14pt,刻度数字10-12pt
 

误差线:选对类型 + 标注清晰

根据研究需求选择:Mean ± SD(展示数据分布)/ Mean ± SEM(展示数据精度)
⚠️ 务必在Figure Legend中明确标注所用误差线类型!
 

配色:拒绝艳俗,选经典款

❌ 非荧光实验,禁用大红大绿等高对比艳色
✅ 经典耐看:纯灰度搭配(黑 / 深灰 / 浅灰 / 白)
✅ 更优选择:Prism 自带Colors safe for colorblind(色盲友好配色,适配所有读者)
 

精简布局:去繁就简

去掉多余的网格线(Grid lines),去掉上边框和右边框(Top and Right axis),只保留左边和下边(L形坐标轴),看起来更清爽。

 

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