肝癌转移是患者预后差的核心原因，其过程涉及克隆选择、基因组异质性、微环境重塑及免疫逃逸等多层次机制。传统单一组学技术难以捕捉时空动态变化，樊嘉院士团队在《Cancer Cell》的研究通过多组学技术串联，首次绘制了转移性肝癌的全景图谱，揭示了从早期克隆扩散到终末免疫抑制的完整路径。

图形摘要

一、科学问题

肝癌转移如何跨越基因组-微环境-免疫的三重屏障？

克隆竞争：转移灶的起源是单克隆还是多克隆？驱动基因如何被选择或排斥？

基质互作：肿瘤细胞如何“驯化”成纤维细胞构建转移前微环境？

免疫编辑：转移灶如何通过新抗原异质性和检查点轴逃避免疫杀伤？

二、技术策略：多项核心技术构建多维证据链

研究整合多区域外显子测序、bulk转录组测序、单细胞测序、DSP空间转录组测序、功能验证等多技术模块，形成闭环研究体系：  

模块一：基因组与转录组解析克隆演化

1、多区域全外显子测序（WES）：对182例患者的461个原发灶（PT）和转移灶（MT）进行测序，追踪克隆起源。系统发育分析（Treeomics、PTI）显示，75%转移灶源于原发灶的早期克隆扩散，且转移灶基因组异质性（ITH）高于预期。

2、Bulk RNA-seq与差异表达分析：结合缺氧评分（HIF1A IHC验证），发现缺氧信号驱动多克隆播散，加速转移进展。  

技术价值：多区域测序揭示时空进化规律，为克隆竞争提供分子证据；

模块二：单细胞与空间组学解码微环境异质性

1、单细胞RNA测序（scRNA-seq）：对转移灶的CD45+免疫细胞分群，发现Wnt野生型（Wnt-wt）MT中记忆B细胞高表达HLA-E，并通过配体-受体对（HLA-E:CD94-NKG2A）诱导CD8+ T细胞终末耗竭。

2、空间转录组测序（DSP, NanoString GeoMx）：对肿瘤-基质交界区进行多区域分割（PanCK+肿瘤、CD8+ T细胞、FAP+成纤维细胞），发现Wnt-wt区域的侵袭前富集EMT通路，且与炎性CAF（iCAF）空间共定位。