【DSP样本制备指南】打造完美切片:GeoMx DSP技术样本处理全攻略
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样本准备

   

样本类型

预处理方式

厚度要求

运输方式

新鲜组织

4 % 多聚甲醛固定 12–24 h(根据组织大小调整),梯度脱水后石蜡包埋

石蜡块切片 5 µm

冰袋 2–8 °C 运输

石蜡组织块

常规包埋完成即可;请在包埋盒侧壁标明“组织方向”(如肿瘤长轴)

切片时 5 µm

冰袋 2–8 °C 运输

石蜡切片

防脱载玻片捞片后 37 °C 过夜烘干,60 °C 烘片 30 min;按分组编号,装入玻片盒

5 µm

玻片盒封口、防震泡沫,室温运输

冰冻组织

4 % 多聚甲醛固定 30 min → PBS 洗 2 次 → OCT 包埋,−80 °C 速冻

冰切 8 µm

干冰运输(−80 °C,≥5 kg)

冰冻切片

OCT 冰切后 37 °C 烘干 1 h;按分组编号,装入玻片盒

8 µm

玻片盒封口、防震泡沫,干冰运输

TMA 切片

同石蜡切片;核心直径 1.5 mm,间距 ≥0.2 mm

4–5 µm

室温防震运输

穿刺组织

4 % 多聚甲醛固定 30 min → OCT 包埋

冰切 5–6 µm

干冰运输

类器官

30 % Matrigel dome → 4 % 多聚甲醛 30 min → OCT 包埋

冰切 5–6 µm

干冰运输

 

  

FFPE样本石蜡样本:

1.组织固定要求(FFPE 蜡块与FFPE 切片都适用)

1)组织离体时间:缺血离体时间不宜超过1h,组织块离体后应尽快固定;

2)组织固定液:推荐10%NBF 或4%PFA,10%NBF 穿透力强,4%PFA 穿透力弱一些;

3)固定时间:根据组织块大小而不同,0.5cm 直径组织块一般18-24h。固定时间不宜太长,例如几天,几周,甚至几个月。

2.FFPE 蜡块要求

1)组织固定需符合1 中的要求;

2)存放条件:将蜡块放入干燥器中,保持干燥环境,室温保存;

3)蜡块年龄:小于3 年的蜡块没有问题,大于3年蜡块3年以上DV200>30%即可。

3.FFPE 样本石蜡切片要求

1)组织固定需符合1 中的要求。

2)蜡块的保存与年龄需符合2 中的要求。

3)蜡块切片要求:由于蜡块表面的空气氧化,避免用蜡块最表面切片,选用中部组织,样本需为切片14 天内的样本。

4)切片厚度:推荐5μm,越薄越好。

5)组织切片位置:组织切片需位于载玻片中央(下图绿色矩形区域,左边为载玻片磨砂区域)。

6)切片存放条件:将切片放入干燥器中,保持干燥环境,放置4℃保存及运输。

7)切片有效时间:推荐使用新鲜切片,保存时间需小于14 天。

    

FF 样本(冰冻样本)要求:

1.FF 样本块要求

1)组织块离体后应立即用液氮或者异戊烷速冻。

2)速冻后的组织块需用OCT 包埋剂包埋。

3)包埋后的组织块需在-80℃保存。

2.FF 样本切片要求

1)FF 切片需要冷冻切片机上完成。

2)切片后应立即贴片至载玻片中。

3)切片厚度:推荐5μm,越薄越好。

4)组织切片位置:组织切片需位于载玻片中央(同上图)。

5)切片后,FF 组织块切口处用OCT 包埋剂覆盖,防止组织块干燥。

6)切片有效时间:我们推荐使用新鲜切片,-80℃保存时间需小于14 天。

   

TMA样本要求

1)核心直径 1.5 mm,密度 50–100 cores/片;

2)核心间距 ≥0.2 mm,防激光串扰。

3)需额外 1 张 H&E 预扫,方便 ROI 区分命名。

   

防脱片小技巧:

原因

解决办法

脱钙过度或不足

使用温和的脱钙液(如EDTA),控制脱钙时间,避免组织结构破坏。

组织固定不充分

脱钙前必须充分固定(如10%中性福尔马林固定24–48小时),以增强组织稳定性

切片过厚或刀痕多

控制切片厚度(一般4–5 μm),使用锋利刀片,避免机械损伤。

贴片不牢

使用粘附性强的玻片,增强组织附着力。

染色过程剧烈

避免高温、强酸强碱染色步骤,使用温和染色流程。EDTA或柠檬酸60-80℃水浴修复30-45分钟

烤片温度或时间不足

切片后应在60°C下烤片至少1小时,确保组织牢固贴附。

组织块过大或形态不规则

骨组织块应控制在2–3 mm厚度,便于脱钙和后续处理

 

 

 

详见LabEx网站( www.u-labex.com)或来电咨询!
基因水平:PCR Array、RT-PCR、PCR、单细胞测序
蛋白水平:MSD、Luminex、CBA、Elispot、Antibody Array、ELISA、Sengenics
细胞水平:细胞染色、细胞分选、细胞培养、细胞功能
组织水平:空间多组学、多重荧光免疫组化、免疫组化、免疫荧光
数据分析:流式数据分析、组化数据分析、多因子数据分析
联系电话:4001619919
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