一、全转录组的概念与组成

    全转录组（Whole Transcriptome）是指特定组织或细胞在特定生理或病理状态下，所有转录产物的总和。它不仅包括编码蛋白质的信使RNA，还涵盖了多种具有调控功能的非编码RNA，反映了基因组在特定条件下的转录全貌。

    从组成上看，全转录组主要包含以下几类RNA分子：信使RNA作为遗传信息传递的中间载体，负责指导蛋白质的合成；长链非编码RNA在转录及转录后水平调控基因表达；环状RNA因其稳定的闭合环状结构，参与微小RNA的调控网络；此外，还包括微小RNA等其他小型非编码RNA，广泛参与基因表达的精细调控。

二、全转录组分析的意义

    生物体内部调控网络具有高度复杂性，各类RNA分子在功能上并非孤立存在。信使RNA、长链非编码RNA、环状RNA及假基因等转录本可通过竞争性结合微小RNA，形成内源竞争RNA调控网络，从而在转录后水平相互调节表达活性。

    基于全转录组数据进行整合分析，有助于系统揭示上述分子间的互作关系。通过同时解析多种RNA的表达谱及其潜在调控机制，能够更全面地探索基因表达调控的分子基础，为理解生理过程与病理状态下的网络失衡提供重要依据。

三、全转录组分析的技术优势

    全转录组测序技术仅需构建两个独立文库，即可同时实现对信使RNA、长链非编码RNA、环状RNA以及微小RNA等四类RNA分子的系统性检测，显著提升了转录组研究的效率与覆盖广度。

    在数据分析层面，该方法不仅关注单一类型RNA的表达差异，更侧重于探索不同RNA分子之间的表达关联性。通过整合多维度转录本信息，能够揭示RNA间的共表达模式及潜在互作关系。

    基于上述特征，全转录组分析为深入研究RNA分子间的调控网络提供了有力支撑，有助于从系统层面解析生物体内复杂的转录调控机制。

四、全转录组分析技术路线

    全转录组分析基于总RNA样本，采用两种文库构建策略并行开展：其一为去除核糖体RNA后的链特异性文库，用于长链RNA的检测；其二为小RNA专用文库，用于微小RNA的捕获。

    在数据分析阶段，链特异性文库可同时进行信使RNA、长链非编码RNA及环状RNA的标准分析，小RNA文库则用于微小RNA的标准分析，分别获得各类转录本的表达谱数据。

    基于上述分析结果，进一步开展多维度联合分析，包括长链非编码RNA与信使RNA的关联分析、环状RNA与信使RNA的关联分析、微小RNA与信使RNA的靶向关系预测，以及环状RNA、长链非编码RNA、微小RNA与信使RNA四者之间的调控网络构建，从而系统揭示RNA分子间的互作机制。

五、全转录组联合分析内容

    全转录组分析在完成四类RNA标准分析的基础上，进一步聚焦于内源竞争RNA调控网络的构建与解析，通过多维联合分析，系统挖掘关键调控因子及其潜在作用机制。

（一）长链非编码RNA与信使RNA关联分析

    基于长链非编码RNA的基因组位置信息，筛选与其存在位置重叠或位于上下游100kb范围内的基因，作为候选靶基因。结合差异表达分析结果，根据表达量的相关性，构建长链非编码RNA与信使RNA的调控网络，揭示其潜在顺式调控作用。

（二）长链非编码RNA与微小RNA关联分析

    部分长链非编码RNA可作为微小RNA的前体分子，通过序列比对可鉴定其是否来源于已知微小RNA前体。同时，利用靶基因预测软件分析微小RNA在长链非编码RNA上的潜在结合位点，进而构建差异表达微小RNA与其靶向的长链非编码RNA之间的调控网络。

（三）微小RNA与信使RNA关联分析

    整合差异表达微小RNA的靶基因预测结果与差异表达信使RNA数据，进行交集分析。进一步根据表达变化方向，分别探讨上调微小RNA与下调信使RNA、下调微小RNA与上调信使RNA之间的潜在调控关系。

（四）环状RNA与信使RNA关联分析

    分析环状RNA与其来源基因信使RNA的表达水平相关性，筛选显著关联的分子对。同时，对差异表达环状RNA的来源基因与差异表达信使RNA进行交集分析，探索环状RNA形成与其线性转录本表达之间的潜在联系。

（五）环状RNA与微小RNA关联分析

    环状RNA富含微小RNA结合位点，通过靶基因预测软件分析其与微小RNA的互作关系。基于差异表达分析结果，筛选相关性显著的环状RNA-微小RNA对，构建其调控网络。

（六）长链非编码RNA、微小RNA与信使RNA调控网络

    长链非编码RNA可作为竞争性内源RNA，通过共享微小RNA结合位点调控信使RNA的表达。通过预测长链非编码RNA与信使RNA上共同的微小RNA靶点，筛选具有相同微小RNA应答元件的分子对，构建三者间的调控网络。

（七）环状RNA、长链非编码RNA、微小RNA与信使RNA调控网络

    环状RNA与长链非编码RNA均可作为微小RNA的海绵分子，竞争性结合微小RNA，解除其对靶基因的抑制作用。基于竞争性内源RNA假说，筛选具有相同微小RNA结合位点的环状RNA-长链非编码RNA-信使RNA组合，构建全转录组层面的调控网络，系统揭示非编码RNA在基因表达调控中的新机制。

七、全转录组测序（mRNA+lncRNA+circRNA）技术哪里有?

    LabEx为您提供全面、深度的全转录组测序（mRNA+lncRNA+circRNA）技术服务。基于Illumina高通量测序平台，我们能够对样本中的各类RNA分子进行系统性、无偏倚的检测与定量分析，一次性同时解析信使RNA（mRNA）、长链非编码RNA（lncRNA）及环状RNA（circRNA）的表达谱与结构信息。该技术可全面揭示复杂的转录调控网络、竞争性内源RNA（ceRNA）互作机制及非编码RNA在疾病发生发展中的关键作用。我们的服务涵盖从实验设计、RNA提取与质控、文库构建（包含去核糖体或链特异性策略）、高通量测序到深度生物信息学分析（包括差异表达分析、可变剪接鉴定、新lncRNA预测、circRNA识别与反向剪接验证、功能富集及ceRNA网络构建）的全流程。

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