DSP小鼠空间蛋白组图谱_Core+2_12
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CD45 (immune cells), Ki-67 (proliferation), GFP (GFP positive cells), CD31 (vasculature),Rb IgG, Ms IgG1, Ms IgG2a, Histone H3, S6, GAPDH,BatF3, CD19, CD28, CD34, CD3e, CD4, CD8e, Fibronectin, FOXP3, GZMB,B7-H3, CTLA4, GITR, LAG3, OX40L, Tim-3, VISTA,CD127/IL7RA, CD27, CD40L, CD44, CD86, ICOS, PD-1, PD-L1,AhR, AR, EpCAM, ER, Her2, IFNGR, PanCk, Pmel17, SMA,BRAF, EGFR, MEK1, p38 MAPK, p44/42 MAPK ERK1/2, Pan-RAS, Phospho-JNK (T183/Y185), Phospho-MEK1 (S217/S221), Phospho-p44/42 MAPK ERK1/2 (T202/Y204), Phospoh-p90 RSK (T359/S363),BAD, BCLXL, BIM, PARP, Cleaved Caspase 3, gamma-H2AX, Neurofibromin, p21, p53, Perforin,MET, Pan-AKT, Phophso-AKT1 (S473), Phospho-AMPK-alpha (T172), Phsopho-GSK3A (S21)/Phospho-GSK3B (S9), Phospho-PRAS40 (T246), Phospho-S6 (S235/S236), PLCG1,CD11b, CD11c, CD14, CD163, CD39, CD40, CD40, CD68, F4/80, Ly6G/Ly6C, MHC II,GFAP, IBA1, MAP2, Myelin basic protein, NeuN, Neurofilament light, Olig2, Synaptophysin, TMEM119,Amyloid Precursor Protein, APOE, P2RX7, Amyloid-Beta 1-42, Tau, Phospho-Tau (S404), Tdp-43, Ubiquitin,Alpha-synuclein, ApoA-I, Calbindin, LRRK2, Park5, Park7, Phospho-Alpha-synuclein (S129), PINK1, Tyrosine Hydroxylase,PSEN1, BACE1, IDE, Phospho-Tau (T231), Phospho-Tau (S396), Phospho-Tau (S199), Phospho-Tau (S214), Neprilysin, NRGN,ATG12, ATG5, LC3B, BAG3, Beclin-1, P62, PLA2G6, TFEB, ULK1, VPS35,Aldh1|1, CD9, CSF1R, CTSD, GPNMB, Mertk, MSR1, Vimentin, SPP1, S100B
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CD45 (immune cells) Ki-67 (proliferation) GFP (GFP positive cells) CD31 (vasculature)Rb IgG Ms IgG1 Ms IgG2a Histone H3 S6 GAPDHBatF3 CD19 CD28 CD34 CD3e CD4 CD8e Fibronectin FOXP3 GZMBB7-H3 CTLA4 GITR LAG3 OX40L Tim-3 VISTACD127/IL7RA CD27 CD40L CD44 CD86 ICOS PD-1 PD-L1AhR AR EpCAM ER Her2 IFNGR PanCk Pmel17 SMABRAF EGFR MEK1 p38 MAPK p44/42 MAPK ERK1/2 Pan-RAS Phospho-JNK (T183/Y185) Phospho-MEK1 (S217/S221) Phospho-p44/42 MAPK ERK1/2 (T202/Y204) Phospoh-p90 RSK (T359/S363)BAD BCLXL BIM PARP Cleaved Caspase 3 gamma-H2AX Neurofibromin p21 p53 PerforinMET Pan-AKT Phophso-AKT1 (S473) Phospho-AMPK-alpha (T172) Phsopho-GSK3A (S21)/Phospho-GSK3B (S9) Phospho-PRAS40 (T246) Phospho-S6 (S235/S236) PLCG1CD11b CD11c CD14 CD163 CD39 CD40 CD40 CD68 F4/80 Ly6G/Ly6C MHC IIGFAP IBA1 MAP2 Myelin basic protein NeuN Neurofilament light Olig2 Synaptophysin TMEM119Amyloid Precursor Protein APOE P2RX7 Amyloid-Beta 1-42 Tau Phospho-Tau (S404) Tdp-43 UbiquitinAlpha-synuclein ApoA-I Calbindin LRRK2 Park5 Park7 Phospho-Alpha-synuclein (S129) PINK1 Tyrosine HydroxylasePSEN1 BACE1 IDE Phospho-Tau (T231) Phospho-Tau (S396) Phospho-Tau (S199) Phospho-Tau (S214) Neprilysin NRGNATG12 ATG5 LC3B BAG3 Beclin-1 P62 PLA2G6 TFEB ULK1 VPS35Aldh1|1 CD9 CSF1R CTSD GPNMB Mertk MSR1 Vimentin SPP1 S100B

技术平台介绍

近年来,随着生物技术和分析方法的不断进步,定量蛋白质和基因水平的研究在理解疾病机制和寻找治疗靶点等领域扮演着至关重要的角色。此外,深入了解组织生物学也需要考虑到空间维度的因素,因此空间分析在该领域的发展备受关注。Nature Methods杂志将空间多组学技术列为2022年最令人期待的七项技术之一,目前已有多家企业推出了空间多组学技术的商业化产品,有助于研究人员探索空间转录组的奥秘。

Nanostring GeoMx DSP技术提供结合了组织影像分析技术和高通量分子定量技术,能够在组织切片原位实现多靶标蛋白和全转录组的空间原位表达谱分析。通过捕获具有形态学背景的图像,按照组织形态、表型、单个细胞、按网格或者绘制区域轮廓,研究者可以选择感兴趣的区域进行分析。

DSP 空间多组学实验全流程

1、标记荧光抗体与待测指标共孵育:一张5μm厚度的切片同时用成像试剂(荧光标记的抗体/探针)和定量试剂(Oligo标记抗体/探针)混合杂交

2、ROI区域圈选:可以选择任何区域,任何形状和大小的ROI

3、区域划分&紫外光解DSP Barcode:每个圈选的目标区域依次被紫外光照射,并切断定量试剂上偶联的Oligo序列。在不接触样本的情况下,用微毛细管快速吸出解离的Oligo序列,使样本切片完整。

4、逐个ROI收集DSP Barcode96孔板: Oligo标签被收集到96孔收集板中,每一个孔对应组织切片上选择的一个ROI/AOI

5、Barcode计算、测序和数据分析:收集的Oligo利用高通量测序(NGS)或 在NanoStringnCounter平台上进行定量。

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