一、火山图(Volcano Plot)

▷ 定义：火山图同时展示统计显著性（padj）与变化幅度（Fold Change）的散点图。主要用于转录组、蛋白质组等组学数据的差异表达分析，快速筛选处理组与对照组间显著变化的基因。

▷ 解读逻辑：横轴为log2FC，纵轴为-log10(padj)，每点代表一个基因。右上角红点为显著上调基因，左上角蓝点为显著下调基因，灰色点表示无显著变化。对于单细胞差异差异基因而言，显著基因需满足|log2FC|>25且padj<0.05。

二、PCA图

▷ 定义：PCA是一种降维方法，将高维数据（如数千个基因的表达量）压缩成少数几个主成分来展示。一般用于观察样本自然聚类、发现异常样本、评估数据质量及检测批次效应。

▷ 解读逻辑：PC1和PC2为解释数据变异最大的两个主成分方向，每点代表一个样本。同组样本应聚集一处，不同组样本应彼此分离。轴旁百分比表示该维度解释的数据变异比例。

三、Dotplot图

▷ 定义：单细胞Dotplot用于展示不同细胞簇（或细胞类型）中基因的表达情况。一般用于展示marker gene 在各簇中的表达，辅助细胞类型注释；观察某基因在不同簇间的表达分布。

▷ 解读逻辑：横轴为基因，纵轴为细胞簇，点的大小表示该簇中表达该基因的细胞比例（Percentage），点的颜色表示平均表达水平（Average Expression）。点越大表示该簇中表达该基因的细胞越多，颜色越深（红/紫）表示平均表达量越高。用于判断某簇是否高表达特定marker，以确定细胞类型身份。

四、生存曲线

▷ 定义：生存曲线展示患者在不同时间点的生存或进展情况。临床研究的标准方法，用于比较不同治疗方案、基因型或临床特征患者的预后差异。

▷ 解读逻辑：横轴为时间，纵轴为生存概率，曲线上的小竖线表示删失（该时间点有患者失访）。曲线越高，生存情况越好；两组曲线明显分开表示分组因素影响预后。Log-rank检验p值<0.05表示生存差异显著，HR<1表示该因素降低事件发生风险，HR>1表示增加风险。

五、箱线图(BoxPlot)

▷ 定义：箱线图展示数据的分布特征。一般用于比较不同组别的基因表达量、蛋白水平或其他连续性数值的差异。

▷ 解读逻辑：箱体中间的横线为中位数，上下边缘分别为75%和25%分位数，胡须延伸范围包含大部分正常数据，之外的点为异常值。两箱体高度差异明显且中位数线不在对方箱体范围内时，通常表示组间存在差异。上方通常标注统计检验的p值。

六、维恩图

▷ 定义：维恩图用重叠的圆表示不同集合间的包含关系。用于比较多个实验条件或分析结果间的重叠基因，找出共同或独有的基因。

▷ 解读逻辑：每个圆代表一个基因集合，圆的重叠部分为多个集合共有的元素。重叠区域（交集）为多条件共有基因，可能代表核心调控基因；非重叠区域为各条件特有基因。若交集过小，可能需调整分析参数。

七、PPI网络图

▷ 定义：PPI网络图展示蛋白质之间的相互作用关系，一般用于识别关键蛋白（hub蛋白）、构建信号通路网络、预测蛋白质功能、发现新互作关系。

▷ 解读逻辑：节点代表蛋白质，边代表两个蛋白之间存在已知或预测的相互作用。节点越大、边越多，该蛋白越重要（可能为核心调控因子）；密集连接的节点群可能代表功能模块；不同颜色可表示蛋白的功能分类或在不同条件下的表达变化。

八、相关性热图

▷ 定义：相关性热图用颜色表示变量之间的相关性强弱。用于分析基因间的共表达关系、评估样本间的相似性、检测多组学数据间的相关性、识别功能一致的基因模块。

▷ 解读逻辑：横轴和纵轴各代表一个变量（如基因、样本），每个格子中的颜色表示两者之间的相关性（红色=正相关，蓝色=负相关，颜色越深相关性越强）。强正相关（深红）表示两基因表达趋势一致，可能共同调控；强负相关（深蓝）表示表达趋势相反，可能存在拮抗关系。

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