抗体芯片 ×miRNA:打通基因调控与蛋白表型的研究利器
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今天聊聊抗体芯片与 miRNA 这对看似跨界的科研组合。
 
提到抗体芯片,大家最熟悉的定位是蛋白高通量检测工具。乍看之下,直接用抗体芯片开展 miRNA 研究似乎关联不强,实则二者的结合有着充分的科研逻辑支撑。一方面,miRNA 的核心功能是基因表达调控 —— 无论是在细胞质中发挥的转录后负向调控作用,还是在线粒体、细胞核等细胞器中体现的定位分布与功能激活效应,其生物学效应最终都会不同程度地反映在蛋白表达的变化上。miRNA 通过调控蛋白表达参与细胞功能调控与疾病进程,本身就是该领域的核心研究方向,而以蛋白检测为核心优势的抗体芯片,自然成为 miRNA 功能验证与机制探索的核心利器。
 
另一方面,多组学联合分析的科研价值已经得到广泛验证,基因与蛋白是诠释生命活动的两大核心维度,miRNA 则是串联这两个维度的关键纽带。开展 miRNA 上下游分子的协同研究、实现多组学层面的联合分析,已是当下生命科学研究的主流思路,抗体芯片也在这一趋势中释放出全新的科研价值。
 
说了这么多,不妨通过两项真实研究案例,看看抗体芯片在 miRNA 研究中的具体应用。

研究案例 1:外泌体 miR-21-5p 调控心力衰竭心脏修复的机制

  • 发表期刊J Clin Invest,影响因子 13.3(Q1)
  • 论文题目:microRNA-21-5p dysregulation in exosomes derived from heart failure patients impairs regenerative potential
  • 研究单位:石家庄医科大学第二医院心内科
  • 抗体芯片:检测人和小鼠 AKT 通路中 18 个热门细胞因子的氨基酸磷酸化程度
  • 实验样本:细胞裂解液
  • 研究目的:探究在外泌体介导的心力衰竭心脏修复过程中,miR-21-5p 的修复特性与作用机制。

 

研究核心结果

心力衰竭的病理状态会改变心源性外泌体的 miRNA 表达谱,其中 miR-21-5p 可通过磷酸酶和紧张素同源物 / Akt 通路促进血管生成与心肌细胞存活,进而参与外泌体介导的心脏修复过程。
 
 
为明确 miR-21-5p 对 PTEN/Akt 信号通路的调控作用及潜在靶基因,研究人员将 miR-21-5p 转染至心肌细胞、CFs 与内皮细胞中,借助抗体芯片检测 18 个 AKT 通路关键磷酸化位点,最终证实心肌细胞与内皮细胞中的 PTEN、AKT 和 BAD 是 miR-21 的调控靶点。结合 WB 实验验证与补充分析,研究进一步明确:miR-21 可通过靶向 PDCD4 抑制心肌细胞凋亡,同时通过激活 PTEN/Akt 信号通路上调内皮细胞 VEGF 表达,最终发挥促进血管生成的作用。
 
 

 

研究案例 2:miR-155-5p 调控椎间盘退变的炎症与力学响应

  • 发表期刊Cell Communication and Signaling,影响因子 8.2(Q1)
  • 论文题目:The role of miR-155-5p in inflammation and mechanical loading during intervertebral disc degeneration
  • 研究单位:罗切斯特理工学院生物医学工程系
  • 抗体芯片
    • 检测人类样本中 20 个炎症、趋化相关细胞因子的表达水平
    • 检测人类样本中 10 个金属蛋白酶相关细胞因子的表达水平
    • 检测人或小鼠样本中 17 个热门 MAPK 上下游相关氨基酸磷酸化位点的表达水平
  • 实验样本:细胞上清及细胞裂解液
  • 研究目的:miR-155-5p 是已被证实的促炎介质,参与癌症、骨关节炎等多种疾病进程,本研究旨在揭示其在椎间盘(IVD)退变中对炎症反应与机械力传感的调控功能。

 

研究核心结果

1、促炎调控作用
研究人员将 miR-155-5p 的模拟物与抑制剂,转染至从退变 IVD 患者体内分离出的髓核(NP)与纤维环(AF)细胞中,利用抗体芯片检测细胞上清中 20 个炎症趋化靶标的分泌水平,证实 miR-155-5p 在炎症微环境中会推动 IVD 的退变进程。其中 AF 细胞内的 miR-155-5p 表达上调,会介导 IL-8、IL-6 表达升高;而抑制 miR-155-5p 则会提升抗炎细胞因子 IL-10 的水平。
 
 
2、ECM 降解调控
基于炎症反应与细胞外基质(ECM)降解的紧密关联,研究团队进一步探究了 miR-155-5p 对 MMPs 及其抑制剂 TIMPs 的调控作用。通过抗体芯片检测细胞上清中 10 个金属蛋白酶相关靶标,发现抑制 miR-155-5p 后,MMP-2、MMP-3、MMP-9 等多种酶的表达出现显著差异,同时 TIMP-4 的表达水平明显上升。
 
 
3、MAPK 通路验证
IVD 退变过程中常伴随 MAPK、NF-κB、PI3/Akt 等胞内信号通路的失调,其中 MAPK 通路的 ERK、JNK、p38 分子是退变进程中的关键调控因子。为验证前述炎症因子的上调是否由 MAPK 通路介导,研究人员利用抗体芯片,检测 miR-155-5p 表达对 MAPK 通路各关键磷酸化位点的影响,结果显示 miR-155-5p 可增强 mTOR、ERK1/2、p38 等分子的磷酸化水平,提示其通过调控 MAPK 信号通路介导下游炎症等病理反应。在 NP 细胞中,miR-155-5p 的功能获得可通过提升 p38 与 p53 的磷酸化水平激活 MAPK 通路,抑制其表达则可显著上调 TIMP-4。
 
 
4、机械载荷响应调控
IVD 的组织稳态与机械载荷承受能力密切相关,为探究 miR-155-5p 对细胞力学感知的影响,研究构建了细胞机械拉伸实验模型,发现拉伸刺激会诱导 COX-2、IL-8 等促炎因子显著高表达。
 
明确机械负荷与炎症反应的关联后,研究者借助抗体芯片,进一步检测了机械载荷过程中 miR-155-5p 功能获得 / 缺失对细胞因子分泌的影响,证实在周期性拉伸过程中,miR-155-5p 过表达会提升促炎细胞因子 IL-6 和 IL-8 的水平,而抑制其表达则可减少 IL-1β 的分泌。
 

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服务货号 中文名称 应用方向 检测指标
LXAH049-1 人 RTK 磷酸化抗体芯片 Panel (49 因子) RTK 磷酸化 ALK/CD246,EphB4,MuSK,Axl,EphB6,PDGF R alpha,DDR1,ErbB2,PDGF R beta,DDR2,ErbB3,c-Ret,Dtk,ErbB4,ROR1,EGF R,FGF R1,ROR2,EphA1,FGF R2 alpha,Ryk,EphA2,FGF R3,SCF R/c-kit,EphA3,FGF R4,Tie-1,EphA4,Flt-3,Tie-2,EphA5,HGF R/c-MET,TrkA,EphA6,IGF-I R,TrkB,EphA7,Insulin R/CD220,TrkC,EphA10,M-CSF R,VEGF R1/Flt-1,EphB1,Mer,VEGF R2/KDR,EphB2,MSP R/Ron,VEGF R3/Flt-4,EphB3
LXAH041-1 人磷酸激酶抗体芯片 Panel (41 因子) 磷酸激酶 Akt 1/2/3 (S473),HSP60,PRAS40 (T246),Akt 1/2/3 (T308),JNK 1/2/3 (T183/Y185,T221/Y223),Pyk2 (Y402),beta-Catenin,Lck (Y394),RSK1/2 (S221/S227),Chk-2 (T68),Lyn (Y397),RSK1/2/3 (S380/S386/S377),c-Jun (S63),MSK1/2 (S376/S360),Src (Y419),CREB (S133),p38 alpha (T180/Y182),STAT1 (Y701),EGF R (Y1086),p53 (S15),STAT2 (Y689),eNOS (S1177),p53 (S392),STAT3 (S727),ERK1/2 (T202/Y204,T185/Y187),p53 (S46),STAT3 (Y705),Fgr (Y412),P70 S6 Kinase (T389),STAT5a/b (Y699),GSK-3 alpha/beta (S21/S9),p70 S6 Kinase (T421/S424),STAT6 (Y641),GSK-3 beta (S9),PDGF R beta (Y751),WNK-1 (T60),HSP27 (S78/S82),PLC gamma-1 (Y783),Yes (Y426)
LXAH059-1 人免疫受体磷酸化抗体芯片 Panel (59 因子) 免疫受体 2B4/SLAMF4,FcRH1/IRTA5,NKp46/NCR1,BLAME/SLAMF8,FcRH2/IRTA4,NKp80/KLRF1,BTLA,FcRH4/IRTA1,NTB-A/SLAMF6,CD3 epsilon,FcRH5/IRTA2,PD-1,CD5,ILT2/CD85j,PECAM/CD31,CD6,ILT3/CD85k,SHIP-1,CD28,ILT4/CD85d,SHP-1,CD84/SLAMF5,ILT5/CD85a,SHP-2,CD229/SLAMF3,ILT6/CD85e,Siglec-2/CD22,CEACAM-1,Integrin beta 3/CD61,Siglec-3/CD33,CLEC-1,KIR2DL4,Siglec-5,CLEC-2,LAIR-1,Siglec-7,CRACC/SLAMF7,LAIR-2,Siglec-9,CTLA-4/CD152,LMIR1/CD300A,Siglec-10,DCIR/CLEC4A,LMIR2/CD300C,SIRP-beta 1,Dectin-1/CLEC7A,LMIR3/CD300LF,SLAM/CD150,DNAM-1,LMIR6/CD300LE,TREM-1,Fc epsilon RII/CD23,MDL-1/CLEC5A,TREM-2,Fc gamma RIIA,NKp30/NCR3,TREML1/TLT-1,Fc gamma RIIIA/B,NKp44/NCR2
LXAH036-1 人细胞凋亡抗体芯片 Panel (36 因子) 凋亡相关 Bad,TRAIL R1/DR4,PON2,Bax,TRAIL R2/DR5,p21/CIP1/CDNK1A,Bcl-2,FADD,p27/Kip1,Bcl-x,Fas/TNFSF6,Phospho-p53 (S15),Pro-Caspase-3,HIF-1 alpha,Phospho-p53 (S46),Cleaved Caspase-3,HO-1/HMOX1/HSP32,Phospho-p53 (S392),Catalase,HO-2/HMOX2,Phospho-Rad17 (S635),cIAP-1,HSP27,Pro-Caspase-3,-cIAP-2,HSP60,SMAC/Diablo,Claspin,HSP70,Survivin,Clusterin,HTRA2/Omi,TNF RI/TNFRSF1A,Cytochrome c,Livin,XIAP

 

乐备实(上海优宁维生物科技股份有限公司旗下全资子公司),是国内专注于提供高质量蛋白检测以及组学分析服务的实验服务专家,自2018年成立以来,乐备实不断寻求突破,公司的服务技术平台已扩展到单细胞测序、空间多组学、流式检测、超敏电化学发光、Luminex多因子检测、抗体芯片、PCR Array、ELISA、Elispot、PLA蛋白互作、多色免疫组化、DSP空间多组学等30多个,建立起了一套涵盖基因、蛋白、细胞以及组织水平实验的完整检测体系。

 
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组织水平:空间多组学、多重荧光免疫组化、免疫组化、免疫荧光
数据分析:流式数据分析、组化数据分析、多因子数据分析
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