单细胞转录组与空间转录组的技术联用，已成为生命科学领域冲击高分论文的核心研究范式。本文精选三篇覆盖不同影响因子梯队的顶刊成果，从疾病机制解析、细胞异质性挖掘到临床转化方向探索，系统拆解单细胞 + 空间组学的研究设计逻辑与数据挖掘路径，为同类课题提供可参考的研究框架。
案例一（IF 13.9）：TGF‑β 信号调控气道基底干细胞参与肺损伤修复的机制解析
该研究发表于《Science Advances》，2026 年影响因子 13.9，于 2026 年 1 月正式上线。研究整合空间转录组、单细胞转录组与 bulk RNA‑seq 技术，以人特发性肺纤维化（IPF）支气管基底干细胞、博莱霉素诱导的肺纤维化小鼠模型为核心研究样本。
核心研究结论
1、纤维化肺部微环境中会形成 TGF‑β 浓度梯度，可引导气道基底干细胞（BCs）定向迁移至损伤区域；
2、TGF‑β/Smad 信号通路是调控 BCs 增殖抑制、迁移启动与多向分化的关键分子开关；
3、经改造构建的 TGF‑β 诱导分泌 BMP7 的工程化基底干细胞（iBMP7‑BC），能够强化肺组织修复能力、缓解纤维化进展。
单细胞 + 空间组学数据挖掘逻辑
1、空间信号梯度解析
研究目标：定位 TGF‑β 在气道至损伤区域的浓度分布梯度，阐明驱动 BCs 定向迁移的空间信号机制
研究结果：空间转录组检测显示，TGF‑β1/2/3 在纤维化区域表达水平较高，气道腔区域表达较低，呈现清晰的梯度分布特征
研究价值：首次明确了肺损伤微环境的空间信号分布规律，解释了 BCs 向肺泡区域迁移的核心动力来源。
研究目标：定位 TGF‑β 在气道至损伤区域的浓度分布梯度，阐明驱动 BCs 定向迁移的空间信号机制
2、干细胞功能调控网络解析
研究目标：解析 TGF‑β 对 BCs 增殖、迁移、分化过程的多维调控机制
研究结果：TGF‑β 可抑制 BCs 增殖、促进细胞迁移，并诱导其向屏障上皮细胞分化；阻断 Smad2/3 信号会引发 BCs 异常过度增殖，最终导致损伤修复失败
研究价值：阐明了 TGF‑β 在肺干细胞修复过程中的双向调控作用，修正了 “TGF‑β 仅具有促纤维化作用” 的传统认知。
研究目标：解析 TGF‑β 对 BCs 增殖、迁移、分化过程的多维调控机制
3、工程化细胞治疗策略设计
研究目标：基于空间信号响应特性开发靶向性修复细胞方案
研究结果：构建可响应 TGF‑β 诱导、表达抗纤维化因子 BMP7 的工程化 BCs，实现损伤区域的精准靶向给药
研究价值：提出了空间微环境响应型的细胞治疗新路径，为肺纤维化的干细胞治疗提供了转化研究方向。
研究目标：基于空间信号响应特性开发靶向性修复细胞方案
案例二（IF 24.6）：补体分泌型癌症相关成纤维细胞对胰腺癌预后及微环境的调控机制
本研究发表于胃肠领域顶刊《GUT》，2026 年影响因子 24.6，于 2026 年 1 月见刊。研究结合空间转录组、单细胞转录组与单细胞 ATAC‑seq 技术，样本涵盖人胰腺导管腺癌（PDAC）组织、癌旁组织以及肝、肺转移灶。
核心研究结论
1、胰腺癌肿瘤微环境中存在 csCAFs、iCAFs、myCAFs 三类 CAF 亚型，其中 csCAFs 属于早期抗炎型细胞亚群；
2、csCAFs 具备向 iCAFs 分化的潜能，TGF‑β 可推动 myCAFs 的形成，同时抑制 csCAFs 的表型维持；
3、肿瘤组织中 csCAFs 占比越高，胰腺癌患者的总生存期与无复发生存期越理想。
单细胞 + 空间组学数据挖掘逻辑
1、CAF 空间异质性分析
研究目标：解析胰腺癌不同 CAF 亚型的空间分布特征与功能差异
研究结果 ：myCAFs 主要分布在肿瘤细胞邻近区域，csCAFs 与 iCAFs 则远离肿瘤细胞、富集于免疫相关区域；TGF‑β 高表达区域以 myCAFs 为主要亚型
研究价值：明确了不同 CAF 亚型的空间生态位，揭示了微环境信号对 CAF 细胞表型的调控作用。
研究目标：解析胰腺癌不同 CAF 亚型的空间分布特征与功能差异
2、细胞分化轨迹与表观调控分析
研究目标：构建 csCAFs 向 iCAFs 分化的时空演化路径，解析背后的表观调控机制
研究结果：拟时序分析与 RNA 速率验证证实 csCAFs 可分化为 iCAFs；iCAFs 中氧化应激通路、AP‑1 通路呈现特异性激活
研究价值：发现了 CAF 细胞可塑性的新机制，提出了 “将 iCAFs 重编程为 csCAFs” 的新型治疗思路。
研究目标：构建 csCAFs 向 iCAFs 分化的时空演化路径，解析背后的表观调控机制
3、临床预后价值验证
研究目标：建立 csCAFs 细胞占比与胰腺癌患者生存结局的量化关联
研究结果：csCAFs 高表达组中 M2 型巨噬细胞浸润减少，肿瘤免疫微环境得到改善，患者生存期显著延长
研究价值：鉴定出 csCAFs 可作为胰腺癌新型预后标志物，可用于临床患者的风险分层管理。
研究目标：建立 csCAFs 细胞占比与胰腺癌患者生存结局的量化关联
案例三（IF 56.1）：化疗诱导 LEPR⁺库普弗细胞分化介导肝转移免疫逃逸的机制研究
该研究发表于肿瘤学顶级期刊《Cancer Cell》，2026 年影响因子高达 56.1，于 2026 年 3 月正式发表。研究采用空间转录组联合单细胞转录组技术，样本涵盖人结直肠癌肝转移（CRLM）组织、化疗耐药与敏感患者标本以及小鼠肝转移模型。
核心研究结论
1、化疗可诱导肝脏原位库普弗细胞（KCs）分化为 LEPR⁺ KCs 亚群，进而促进肿瘤免疫逃逸与化疗耐药；
2、肿瘤细胞释放的 cGAMP 可通过 STING‑ID1 信号轴驱动 LEPR⁺ KCs 的分化进程；
3、LEPR⁺ KCs 通过 MerTK 通路清除免疫原性死亡信号，联合阻断 MerTK 与 PD‑L1 可有效恢复机体抗肿瘤免疫能力。
单细胞 + 空间组学数据挖掘逻辑
1、治疗后免疫微环境空间动态分析
研究目标：解析化疗干预下肝转移灶免疫微环境的空间重塑规律
研究结果：化疗后 LEPR⁺ KCs 浸润至肿瘤实质区域，取代外周原有 KCs，最终导致 CD8⁺ T 细胞功能耗竭
研究价值：揭示了化疗治疗的 “双刃剑效应”，明确了免疫逃逸发生的空间细胞学基础。
研究目标：解析化疗干预下肝转移灶免疫微环境的空间重塑规律
2、细胞可塑性调控信号轴解析
研究目标：系统阐明 KCs 向 LEPR⁺ KCs 分化的分子调控网络
研究结果：肿瘤旁分泌的 cGAMP 可激活 KCs 细胞内的 STING‑IRF3‑ID1 通路，通过抑制 PU.1 的功能驱动细胞表型转化
研究价值：完整阐释了化疗耐药的非肿瘤细胞自主机制，锁定 STING‑ID1 轴为核心调控靶点。
研究目标：系统阐明 KCs 向 LEPR⁺ KCs 分化的分子调控网络
3、联合治疗靶点与方案挖掘
研究目标：基于空间免疫抑制机制提出精准联合干预策略
研究结果：MerTK 抑制剂联合 PD‑L1 抗体能够逆转 LEPR⁺ KCs 介导的免疫抑制效应，恢复肿瘤细胞对化疗的敏感性
研究价值：提出了肝转移 “化疗 + 免疫” 联合治疗的新方案，具备直接的临床转化应用潜力。
研究目标：基于空间免疫抑制机制提出精准联合干预策略
单细胞 + 空间组学检测技术服务哪里有？
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| 货号 | Panel名称 |
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| LXRDSPH36-DPA | DSP人空间蛋白组图谱_1200蛋白_36试剂盒 |
| LXRDSPH48-DPA | DSP人空间蛋白组图谱_1200蛋白_48试剂盒 |
| LXRDSPH60-DPA | DSP人空间蛋白组图谱_1200蛋白_60试剂盒 |
| LXRDSPH72-DPA | DSP人空间蛋白组图谱_1200蛋白_72试剂盒 |
沪公网安备31011502400759号
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