《Spatial transcriptomics analysis of esophageal squamous precancerous lesions and their progression to esophageal cancer.》

1. 研究样本详情

本研究纳入了 8 例处于 pT1 期的结直肠癌（CRC）患者样本。这些样本细致地划分出了多个不同的组织区域，分别为正常组织（Normal，缩写为 N）、过渡区域（Transition）、低级别发育异常区域（Low - grade dysplasia，简记为 L）、高级别发育异常区域（High - grade dysplasia，简称为 H）以及癌组织（Tumor，标记为 T）。对不同区域的样本展开研究，有助于深入剖析结直肠癌发生发展过程中各阶段的特征。

2. 检测方法概述

为全面探究样本特性，本研究采用了多种检测手段，包括  DSP 空间转录组技术、免疫组化、成像质谱流式，同时还借助了公共单细胞数据库进行辅助分析。这些方法相互结合，能从不同层面和角度对样本进行深入研究。

3. DSP 形态学标记情况

在DSP 检测中，对不同细胞类型进行了明确的形态学标记。其中，上皮细胞使用 PanCK 进行标记；基质细胞则采用 Vimentin 作为标记物；造血细胞以 CD45 进行标记；细胞核使用 SYTO 13 进行标记。这些标记为后续的细胞类型识别和分析提供了基础。

4. ROI 圈选策略

本研究在分析过程中，针对特定细胞区域进行了感兴趣区域（ROI）的圈选。具体而言，选取了上皮细胞（PanCK⁺）区域以及基质细胞（Vimentin⁺）区域作为重点研究对象，以便更精准地分析这些区域内的细胞特征和分子表达情况。

5. 研究发现

6. 研究总结

《Transcriptomic and immunophenotypic profiling reveals molecular and immunological hallmarks of colorectal cancer tumourigenesis》

1. 研究样本介绍

本研究选取了四类不同阶段的组织样本，分别为正常上皮（Normal Epithelium，缩写为 NE，样本数量 n = 6）、低级别上皮内瘤变（Low - grade Intraepithelial Neoplasia，简记为 LGIN，n = 6）、高级别上皮内瘤变（High - grade Intraepithelial Neoplasia，简称为 HGIN，n = 6）以及癌组织（Esophageal Squamous Cell Carcinoma，即食管鳞状细胞癌，缩写为 ESCC，n = 7）。通过对这些处于不同病理阶段的样本进行研究，能够深入探究疾病从正常组织逐渐发展为癌组织的分子变化过程。

2. 检测方法说明

为全面且深入地剖析样本的生物学特性，本研究综合运用了多种检测方法。具体包括 DSP 空间转录组技术，该技术可在空间维度上分析基因表达情况；免疫组化，用于检测组织中特定蛋白质的表达和定位；定量 RT - PCR，能够精确测定目标基因的 mRNA 表达水平；同时借助公共单细胞数据库进行数据对比和分析；此外还开展了细胞系实验，以进一步验证相关发现。这些方法相互补充，为研究提供了多维度、多层次的数据支持。

3.  DSP 形态学标记情况

在 DSP 检测过程中，针对不同细胞类型进行了特定的形态学标记。其中，上皮细胞采用 PanCK 进行标记，以便准确识别和定位上皮细胞；淋巴细胞使用 CD45 作为标记物，有助于区分淋巴细胞群体；细胞核则使用 SYTO 13 进行标记，为细胞识别和分析提供基础。这些标记为后续的细胞类型分析和基因表达研究奠定了基础。

4. 研究发现

5. 研究总结

《Nongenetic Evolution Drives Lung Adenocarcinoma Spatial Heterogeneity and Progression.》

1. 研究样本概况

本研究聚焦于早期肺腺癌领域，共纳入 10 例早期肺腺癌患者样本。这些样本依据病理形态学特征，被细分为不同亚型，具体涵盖侵袭性较低的贴壁型（lepidic，样本量 n = 8）、乳头型（papillary，n = 47）、腺泡型（acinar，n = 86）以及侵袭性较强的实性肿瘤（solid，n = 65）。对不同亚型样本展开研究，有助于深入剖析早期肺腺癌不同病理类型在分子层面的差异，为疾病的精准诊断和治疗提供依据。

2. 检测方法说明

为全面揭示早期肺腺癌的生物学特性，本研究综合运用了多种先进的检测技术。其中包括 DSP 空间蛋白组技术，该技术能够在空间维度上精准分析蛋白质的表达情况；全外显子组测序（WES），用于检测基因组中的突变信息；RNA - seq，可对转录组进行高通量测序，分析基因表达谱；DNA 甲基化检测，用于探究基因的表观遗传调控机制；免疫荧光技术，则有助于直观地观察细胞内特定分子的分布和表达。这些检测方法相互配合，从不同层面和角度为研究提供了丰富的数据。

3. DSP 形态学标记情况

在 DSP 检测过程中，针对不同细胞类型进行了明确的形态学标记。上皮细胞采用 PanCK 进行标记，以便准确识别和定位上皮细胞；T 细胞使用 CD3 作为标记物，有助于区分 T 细胞群体；淋巴细胞则以 CD45 进行标记，进一步明确淋巴细胞的分布；细胞核使用 SYTO 13 进行标记，为细胞识别和分析提供基础。这些标记为后续的细胞类型分析和分子表达研究提供了重要参考。

4. ROI 圈选策略

本研究在分析过程中，针对特定细胞区域进行了感兴趣区域（ROI）的圈选。具体选取了上皮细胞（PanCK⁺）区域以及基质细胞（此处推测原表述“基质细胞（CD45⁺）区”有误，CD45 通常标记淋巴细胞，若为基质细胞标记需用其他如 Vimentin 等，这里按合理推测修改为基质细胞相关标记区域，但基于原文保留原表述并说明可能问题）区域作为重点研究对象。不过，CD45 一般作为淋巴细胞的标记物，若要圈选基质细胞区域，可能需要采用其他合适的标记物，如 Vimentin 等。但按照原文信息，本研究圈选上皮细胞（PanCK⁺）区及基质细胞（CD45⁺）区，以便更精准地分析这些区域内的细胞特征和分子表达情况。

5. 研究发现

6. 研究总结